Foi no início do século XX que a cidade de Santos começou a realmente ser de grande importância para o Brasil. O porto despontava como um dos maiores do mundo. Por ele, passava a maior parte do café, produto forte na época, exportado pelo país. A vida social do município crescia rápido movida ao dinheiro dos barões do café e de seus negócios milionários com o porto. Em 1912, Santos já era a principal cidade exportadora de café do mundo. Os negócios iam bem e a cidade atraía cada vez mais o dinheiro dos fazendeiros do interior.
Apesar de na época os esportes aquáticos tais como o remo serem os mais praticados pelos jovens, já havia equipes da cidade fortes o bastante para disputarem com destaque o Campeonato Paulista de Futebol (criado em 1902): o Sport Clube Americano, fundado em 1903 e o Clube Atlético Internacional, fundado em 1902. O Internacional foi extinto em 1910 e o Americano mudou sua sede para São Paulo, deixando alguns praticantes descontentes e que decidiram então criar o seu próprio clube na cidade.
A fundação do Santos Futebol Clube ocorreu num domingo, dia 14 de abril de 1912, por iniciativa de Raymundo Marques, Mário Ferraz de Campos e Argemiro de Souza Júnior, três esportistas da cidade, que convocaram uma assembleia, por volta das 14 horas, na sede do Clube Concórdia (localizado na Rua do Rosário - atual Avenida João Pessoa), para a criação de um time de futebol. Durante a reunião, foi discutido o nome para a agremiação, dentre as sugestões estavam: Concórdia, Euterpe e Brasil Atlético, mas os participantes da reunião, por unanimidade, aceitaram a proposta de Edmundo Jorge Araújo: a denominação Santos Foot-Ball Clube. A primeira diretoria foi composta por: Sizino Patusca (presidente), George Cox (vice-presidente), José G. Martins (primeiro secretário), Raul Dantas (segundo secretário), Leonel Silva (primeiro tesoureiro), Dario Frota (segundo tesoureiro) e os diretores Augusto Bulle, João Carlos de Mello, Henrique Cross, Francisco Raymundo Marques, Cícero F. da Silva e Jomas de C. Pacheco.
Na mesma reunião foram decididas as cores do clube. O uniforme oficial escolhido era constituído por uma camisa com listras verticais azuis e brancas, separadas por um fio dourado, em homenagem ao Clube Concórdia, local daquela reunião
O primeiro jogo-treino foi realizado no dia 23 de junho, contra um combinado chamado Thereza Team. O Alvinegro, até então tricolor, venceu por 2 a 1, com gols marcados por Anacleto Ferramenta e Geraule Moreira Ribeiro. O primeiro jogo oficial ocorreu apenas em 15 de setembro daquele ano. O Santos venceu na estreia o Santos Athletic Club por 3 a 2. O primeiro gol oficial da história do clube foi marcado por Arnaldo Silveira.
Em 1913 o Santos disputou o Campeonato Santista e se sagrou campeão invicto, confirmando ser a equipe de futebol mais forte da cidade. Com isso credenciou-se a disputar o Campeonato Paulista de Futebol no mesmo ano, mas as dificuldades com as viagens constantes e os resultados ruins nos jogos forçaram a equipe a abandonar a competição. A única vitória foi justamente contra o time que no futuro se tornaria o principal rival e que também estreava no campeonato naquele ano: o Corinthians, vitória santista na capitalpor 6 a 3. Em 1915, o Santos voltou a disputar o Campeonato Santista, conseguindo o segundo título embora tenha usado o nome de União FC devido a APEA, liga a qual permaneceu afiliado, não o ter permitido participar com o nome oficial. Em 1916, o time das praias retomaria a disputa do Campeonato Paulista para ocupar de vez o lugar de uma das grandes equipes do estado e tornar-se um dos maiores vencedores da competição ao longo da história.
Ary Patusca, filho do primeiro presidente do clube, Sizino Patusca, foi o primeiro brasileiro a jogar em um clube estrangeiro. Como era costume naquele tempo, Ary Patusca havia sido mandado por seu pai para estudar na Suíça. Lá, entrou para o Brühl St. Gallen e foi campeão suíço de futebol, chegando até a jogar na seleção helvética. Depois de quatro anos na Europa, retornou ao Santos. Foi o artilheiro do time em 1915, com 19 gols.
De 1921 a 1926, o Santos fez campanhas fracas no Campeonato Paulista, mas foi o período necessário para o surgimento da primeira geração do que se tornaria uma tradição no Alvinegro: descoberta e criação de jovens talentos
A equipe de jovens garotos que formaria o ataque dos 100 gols, consagrando o Santos no cenário nacional, começou a ser gerada em 1923 com a chegada do jovem Araken Patusca, então com 16 anos. Na mesma época entraram para a equipe outros atletas de baixa idade
Quatro anos após a chegada desses jovens, e com a inclusão de alguns nomes como o do extraordinário artilheiro Feitiço, o Santos estreava no Campeonato Paulista aplicando uma goleada, o que se repetiria por diversas vezes na competição. A vítima foi a equipe do Ypiranga, o jogo ficou em 12 a 1, com 7 gols de Araken. Foi o recorde de gols em uma única partida, só sendo superado 37 anos depois por Pelé.
Durante toda a disputa estadual o clube venceu por placares elásticos, o que resultou em 100 gols pró, média de 6.25 gols por partida. Mas a excelente campanha não foi coroada. No último jogo, quando o Peixe precisava de apenas um empate, foi derrotado pelo Palestra Itália, por 3 a 2, em partida muito conturbada[6]. O Santos seria ainda vice-campeão em 1928 e 1929, sempre fazendo muitos gols. Em 1931 foi novamente vice-campeão, mas Araken não estava mais no clube (retornaria em 1935).
O ataque que entrou para a história como a famosa "linha dos 100 gols" era formado por Osmar, Camarão, Feitiço, Araken e Evangelista. Essa escalação foi ouvida por décadas, repetidas como um verso popular pelos torcedores de futebol de várias partes do país.
O marco histórico do ataque dos 100 gols foi resultado de um trabalho de características que, mais tarde, valeriam um trecho do hino oficial do clube: "Técnica e Disciplina".
Os lendários substantivos surgiram após dois confrontos amistosos contra a equipe do Vasco da Gama, onde o Peixe venceu os dois jogos, e foi chamado por jornalistas de o "Campeão da Técnica e da Disciplina".
O Santos, que vinha batendo na trave quando o assunto era ganhar o Campeonato Paulista, finalmente superou seus rivais e começou, no dia 17 de novembro de 1935, a escrever uma história vitoriosa. O adversário naquele dia era o Corinthians e o Santos (que tinha somado 18 pontos), em seu último jogo na competição, precisava de apenas um empate para assegurar o seu primeiro título paulista. Ambos os alvinegros, e ainda o Palestra Itália, tinham chances de título, e as duas últimas partidas do campeonato eram verdadeiros confrontos diretos.
No primeiro turno da competição, o Corinthians havia vencido todos os jogos, mas depois, o time paulistano amargou 3 jogos sem vencer. Melhor para o Santos, que vinha logo atrás e aproveitou a chance de tomar a liderança e a manter até o final do campeonato.
No estádio de Parque São Jorge, o Corinthians era visto com certo favoritismo, por ter um time tradicional e forte que ainda jogaria em casa, mas nada que assustasse os jogadores santistas. A equipe entrou em campo com: Cyro, Neves e Agostinho; Ferreira, Marteletti e Jango; Saci, Mário Pereira, Raul Cabral Guedes, Araken Patusca e Junqueirinha, tendo como treinador Bilu. Os gols da partida foram marcados por Raul Cabral Guedes, aos 35 minutos do primeiro tempo, e Araken Patusca, aos 17 minutos do segundo tempo. O Santos venceu a partida por 2 a 0 e terminou o campeonato como o melhor ataque, com 32 gols. Assim, o Santos conquistava o seu primeiro título paulista
Nos anos 40, o Santos não conquistou nenhum título estadual, mas a partir da segunda metade da década, quando a presidência foi assumida pelo ex-goleiro Athiê Jorge Coury, passou a dar mostras do sucesso que o Santos teria anos mais tarde. O clube foi vice-campeão paulista em 1948 e revelou jogadores como o ponta-direita Cláudio Christovam de Pinho, titular na conquista da Seleção Brasileira no Campeonato Sul-Americano de 1949, e o meia Antoninho Fernandes, um dos maiores ídolos da história do clube.
A maior façanha nesse período foi a excursão ao Norte/Nordeste do país, de 29 de novembro de 1946 a 2 de fevereiro de 1947. Até ali nenhum time brasileiro tinha feito excursão tão longa àquela região sem perder. O Santos passou pelas capitais dos estados de Pernambuco, Rio Grande do Norte, Ceará, Maranhão e Pará, participando de 15 jogos, obtendo 12 vitórias e 3 empates.
O prenúncio da grande fase do Santos começou em 1955, quando depois de 20 anos, voltou a ser campeão paulista, tendo o atacante Emmanuele Del Vecchio, artilheiro da competição com 23 gols.
Em 1956, chegaria à Vila Belmiro, trazido pelas mãos de Waldemar de Brito, o menino Pelé, de 15 anos, que deu de novo impulso à história do Santos, levando a conquistas que enalteceram o futebol brasileiro no planeta.[10] O time do Santos vinha de grandes campanhas, sendo bicampeão paulista em 1955-1956, apresentando os craques Pepe e Zito, dentro outros. Com Pelé, o time se tornaria um dos maiores da história.
Pelé marcou seu primeiro gol com a camisa do Santos num amistoso com o Corinthians de Santo André, jogo em que o time da Vila Belmiro venceu por 7 a 1. Em 1958, ganhou seu primeiro Campeonato Paulista, estabelecendo como artilheiro o recorde de 58 gols que permanece até hoje. Neste Campeonato Paulista, o Santos marcou 143 gols.
O Santos com Pelé continuou nos anos seguintes a ganhar todas as principais competições que disputava. Em 1959, a conquista do primeiro Torneio Rio-São Paulo e o vice-campeonato brasileiro. Em 1960, mais um paulista. De 1961 até 1965 a hegemonia do futebol brasileiro com cinco títulos brasileiros (Taças Brasil), e foi em 1961, num jogo válido pelo torneio Torneio Rio-São Paulo contra o Fluminense, que Pelé marcou o famoso Gol de Placa, que foi homenageado pelo jornalista Joelmir Beting com uma placa. Em 1962 e 1963, o bicampeonato sul-americano da Copa Libertadores da América e o bicampeonato intercontinental. Só não ganhou todos os Campeonatos Paulistas de 1955 até 1969 pois o Palmeiras, time conhecido na época por "Academia", conseguiu interromper a sequência de tempos em tempos. Em 1967 o Santos daria início ao seu segundo tricampeonato paulista. Em 1968, o time com grandes revelações como Clodoaldo, Edu, Abel e Toninho Guerreiro, além de Pelé, voltaria a conquistar outra série de títulos nacionais e internacionais, como a Supercopa Sul-Americana e a Recopa dos Campeões Intercontinentais de 1968, além de mais um Campeonato Paulistae um Campeonato Brasileiro. Nessa década (1960-1969), foram 23 títulos oficiais conquistados.
No ano de 1969, as conquistas e a fama do Santos eram tão grandes que após uma excursão pela África, o clube ficou conhecido como "o time que parou a guerra", fato que ocorreu graças a jogos do time no Congo e na Nigéria. Nessa época havia um conflito entre República do Congoe República Democrática do Congo, enquanto o time esteve no local, esse conflito foi paralisado para que as pessoas pudessem ver o Santos jogar, outra guerra civil que existia no continente, era a Guerra de Biafra, na Nigéria, que também foi interrompida enquanto o Santos esteve presente na cidade de Benin, sul do país.
Com dívidas devido a investimentos que não deram certo, como o do Parque Balneário, o clube ia vendo seus craques saindo. Compromissos com a CBD para a eleição de João Havelange para presidente da FIFA obrigaram o time a sucessivas excursões por todo o globo, desde a África até a Arábia, o que refletiu no fraco desempenho do time nos campeonatos internos. Em 1973, o Santos ganhou o último Campeonato Paulista com Pelé. Competição que teve uma final muito conturbada, acabando na disputa por pênaltis contra o time da Portuguesa. O erro histórico do árbitro Armando Marques, que encerrou as cobranças quando o Santos vencia por 2 a 0, mas ainda com possibilidade de empate por que restavam ainda duas cobranças da Portuguesa, atrapalhou a conquista certa (Pelé ainda não havia feito sua cobrança), fazendo com que o título daquele ano fosse dividido entre os dois clubes.
Após a Era Pelé, o Santos continuou seu caminho de glórias. Em 1978, Chico Formiga, ex-atleta do clube, formou um time campeão. Os "Meninos da Vila", apelido dado pela juventude dos atletas da equipe, conquistaram o Campeonato Paulista de 1978. Destacaram-se na época Juary, João Paulo, Pita, Aílton Lira e Nílton Batata. Em 1983 o Santos montou uma equipe forte trazendo para a Vila jogadores consagrados como Serginho Chulapa e Zé Sérgio (do São Paulo) e Paulo Isidoro (do Atlético Mineiro) e conseguiu disputar a final do Campeonato Brasileiro de 1983 com o Flamengo de Zico, vencendo a primeira partida no Morumbi por 2 a 1. Mas na final do Maracanã, jogando com alguns desfalques, o Santos acabou apenas com o vice-campeonato.
Com o reforço do goleiro Rodolfo Rodríguez, a equipe confirmaria sua competitividade e se sagraria campeã do Campeonato Paulista de 1984 (tendo como Presidente Milton Texeira). Após esse título, o Santos só voltaria a uma final de campeonato nacional de futebol em 1995, enfrentando o Botafogo. O Santos vinha animado após uma vitória histórica na partida semifinal contra o Fluminense, por 5 a 2, com grande atuação do ídolo santista da época Giovanni. Mas na final contra o Botafogo, o Santos empatou e acabou novamente com o vice-campeonato, num jogo em que a arbitragem foi grandemente contestada (os santistas reclamam do árbitro Márcio Rezende de Freitas a anulação do gol do ponta santista Camanducaia e também a validação do gol em impedimento do botafoguense Túlio Maravilha).
O Santos voltaria aos títulos vencendo o Torneio Rio-São Paulo de 1997 e a Copa Conmebol de 1998, competição precursora da atual Copa Sul-Americana, derrotando o Rosario Central da Argentina na final. O Alvinegro venceu por 1-0 na Vila Belmiro, com gol marcado pelo Claudiomiro, e mesmo com todo clima hostil no Estádio Gigante de Arroyito, saiu campeão, após empatar por 0-0.
Em 1999, Marcelo Teixeira se torna presidente, pegando o clube com uma enorme dívida. A administração primeiramente tentou montar um grande time com jogadores renomados e ao mesmo tempo investiu forte na base, no patrimônio e na estrutura, reformando o estádio e fazendo um CT de primeiro mundo. Mas no início de 2002, ano em que o clube completara 90 anos, os grandes jogadores haviam saído sem conseguir títulos (apenas um vice-campeonato paulista em 2000) e o Santos teve que voltar suas atenções às categorias de base para recompor o elenco. A "solução caseira" deu certo e o Santos encerraria aquele ano com a conquista pela sétima vez do Campeonato Brasileiro. O time que conseguiu ser campeão foi, basicamente, formado na Vila Belmiro, montado pelo treinador Emerson Leão tirando da base para a equipe principal garotos que seriam conhecidos como "Os novos Meninos da Vila" e que viraram febre no Brasil inteiro e a dupla Diego e Robinho se tornaram símbolos de um futebol vistoso e alegre, juntos de Renato, Elano, Alex e Léo. No ano seguinte, com a base mantida, o Peixe chegou aos vice-campeonatos da Libertadores e do Campeonato Brasileiro.
Em 2004, o time mostrou toda a sua força entre os oito melhores times do continente, perdendo nas quartas-de-finais da Libertadores para o campeão Once Caldas, da Colômbia. No Campeonato Paulista, foi até as semifinais. O ano foi fechado com chave de ouro com a conquista do oitavo título brasileiro. Com uma equipe liderada pelo técnico Vanderlei Luxemburgo, a base de 2002 e reforços como Ricardinho e Deivid, o time encerrou o torneio de pontos corridos disputando até a última rodada o título com o Atlético-PR e conquistou mais uma vez o Campeonato Brasileiro. A conquista foi marcada pelo episódio de sequestro da mãe do Robinho, que mesmo com todo aspecto emocional envolvido, ajudou o Santos a ser campeão brasileiro.
Após 3 anos consecutivos de vitórias, com conquista de dois Campeonatos Brasileiros e chegada a final da Copa Libertadores da América de 2003, o Santos começou o ano de 2005 tentando manter o ritmo.
O maior jogador após a Era Pelé, Robinho, permaneceu no clube durante o primeiro semestre. Mas após a sua saída para o Real Madrid, o Santos ficou prejudicado em seu desempenho. Para completar Deivid e Léo também saíram, o que deixou a equipe completamente desfigurada e enfraquecida. Para restaurar a equipe, o Peixe contratou o craque e ídolo Giovanni, mas que viria apresentar desempenho instável; e dois atacantes repatriados: Luizão, que se mostrou fora de forma; e Cláudio Pitbull, que marcou apenas dois gols. O ano também foi tumultuado com relação aos técnicos, começando com Oswaldo de Oliveira para a substituição de Vanderlei Luxemburgo, devido a saída do treinador para o Real Madrid. Passaram ainda como treinadores Alexandre Gallo e Nelsinho Baptista, terminando com Serginho Chulapa, que levou o Santos interinamente. Após fraca atuação na Espanha, Luxemburgo retorna em 2006 como treinador da equipe santista, sinalizando grandes investimentos para o ano da Copa do Mundo.
Em 2006, a equipe foi inteiramente renovada. Várias contratações foram feitas com os campeonatos em andamento, o que prejudicou o conjunto da equipe. Mesmo com esse fator desfavorável, Luxemburgo conseguiu manter a equipe em alto nível de competição durante o Campeonato Paulista e, se aproveitando de que seus principais adversários estavam com as atenções divididas devido a participação na Copa Libertadores da América, o Santos conquistou o Campeonato Paulista de 2006. Foi o fim de um período de 21 anos sem levar a taça da FPF. O time entraria ainda para a história dos recordes como a única equipe que venceu todas as partidas jogadas em seu estádio (10 partidas no total); e que marcou gols em todas as partidas do campeonato (19 partidas no total, marcando 33 gols). O time histórico que consagrou esse título com vitória de 2 a 0 contra a Portuguesa de Desportos, sob a modalidade de pontos corridos, foi composto por Fábio Costa; Luiz Alberto, Julio Manzur e Ronaldo Guiaro; Kléber, Fabinho, Maldonado, Cléber Santana e Rodrigo Tabata; Reinaldo e Geílson. Já pelo Campeonato Brasileiro, conquista direito à disputa da Copa Libertadores da América de 2007 com o 4ª lugar na competição nacional.
Em 2007, com uma campanha impecável na primeira fase do Campeonato Paulista de 2007, o Santos conquista o direito de jogar com vantagem nas fases semifinais e finais do campeonato. Aproveitando-se desta vantagem, o Santos elimina o Bragantino nas semifinais ( 0 a 0 no primeiro e segundo jogos) e o São Caetano na finais (derrota por 2 a 0 no primeiro jogo e vitória por 2 a 0 no segundo jogo), conquistando o bicampeonato paulista (2006 e 2007). O time que conquistou o bi, foi a campo com: Fábio Costa, Maldonado, Adaílton, Ávalos e Kléber; Rodrigo Souto, Pedrinho, Cléber Santana e Zé Roberto; Marcos Aurélio e Jonas. Entraram ainda Carlinhos, Rodrigo Tabata e Moraes, que fez o gol do título.
Já no Campeonato Brasileiro de 2007, o Santos ficou com o vice-campeonato e conquistou uma das vagas para a Copa Libertadores da América de 2008.
Em 2008, com muitas mudanças de técnicos e jogadores, o Santos fez campanhas irregulares no Campeonato Paulista, na Copa Libertadores e no Campeonato Brasileiro. No torneio estadual, um começo ameaçador, no qual a equipe rondou a zona de rebaixamento. A melhora nas atuações trouxe consigo um sequência de vitórias que quase classificou a equipe para as finais. Na Copa Libertadores da América, o Santos obteve uma difícil classificação para as finais, conquistada somente na última rodada, na vitória sobre o Cúcuta Deportivo, da Colômbia. Nas oitavas-de-final, duas vitórias por 2 a 0 sobre o mesmo Cúcuta Deportivo classificaram o Santos para as quartas-de-final, nas quais foi eliminado pelo América. Derrota por 2 a 0 no México e vitória por 1 a 0 no Brasil. O Campeonato Brasileiro de 2008 foi aquele no qual o Santos realizou sua pior campanha, lutando durante quase toda a competição contra a despromoção. Ao final do torneio, uma difícil 15ª posição, apenas um ponto acima da zona de rebaixamento. Como destaque positivo, os 21 gols do atacante Kléber Pereira, um dos artilheiros do campeonato.
Em 2009, depois de um início com problemas o Santos troca o técnico Márcio Fernandes por Vágner Mancini e consegue ótima reação no Campeonato Paulista. Com grandes vitórias sobre a Portuguesa de Desportos (1 a 0) e a Ponte Preta (3 a 2, em Campinas), o Santos se classifica para o Quadrangular Final. Derrota o Palmeiras, que foi o melhor time da primeira fase, por duas vezes (duas vitórias por 2 a 1) chegando à final com o Corinthians. Fica com o vice-campeonato depois de uma derrota na Vila Belmiro (3 a 1) e de um empate no Pacaembu (1 a 1). No Campeonato Brasileiro, após um bom início - no qual alcançou a vice-liderança - a equipe decaiu. Turbulências internas e más exibições ocasionaram a demissão do treinador Vágner Mancini, logo após a derrota por 6 a 2 para o Vitória, em Salvador. Para o seu lugar foi contratado Vanderlei Luxemburgo, que pela quarta vez assumiu o Santos Futebol Clube, tendo como objetivo a classificação para a Copa Libertadores da América de 2010. A ausência de bons nomes no elenco de jogadores tornaram a campanha da equipe santista muito irregular, numa constante alternância de vitórias, empates e derrotas. Ao final do campeonato, uma decepcionante 12ª posição, contabilizando 12 vitórias, 13 empates e 13 derrotas. Como saldo positivo, as boas atuações do jovem goleiro Felipe, que substituiu o titular Fábio Costa, dos meias Paulo Henrique Ganso e Madson, e do atacante Neymar, de apenas 17 anos. Em dezembro de 2009, as tumultuadas eleições para a presidência do clube tiraram do cargo Marcelo Teixeira, que se manteve por 10 anos nessa posição. Para o seu lugar foi eleito Luis Álvaro de Oliveira Ribeiro.
Após ficarem com o vice-campeonato paulista de 2009, Neymar e Ganso iniciaram a nova temporada como os principais jogadores da equipe, ajudados por reforços importantes como Arouca, Wesley, Robinho e com um novo treinador, Dorival Júnior. O time foi o melhor da primeira fase do Campeonato Paulista, conseguindo algumas grandes goleadas como 9 a 1 sobre o Ituano e 6 a 3 contra o Bragantino. Na semifinal, duas vitórias sobre o São Paulo (3 a 2 e 3 a 0) garantiram a ida para final. Na finalíssima, o adversário era o bom time do Santo André. Na primeira partida, vitória por 3 a 2 da equipe santista, na segunda e decisiva partida, o Santo André começou a dar mostras que o campeonato ainda não estava decidido, marcando um gol logo no primeiro minuto de jogo, o Santos empatou com Neymar duas vezes, porem no final do primeiro tempo, o Santo André marcou mais um, e terminou vencendo por 3 a 2, mesmo placar a favor do Santos no primeiro jogo, mas como tinha melhor campanha, o título ainda era do alvinegro. No segundo tempo, mesmo com 3 jogadores expulsos, o Santos conseguiu segurar o placar e ser campeão. Um lance que ficou marcado na final, foi o Ganso se recusando a ser substituído pelo técnico Dorival Júnior.
Sucessivamente, depois do intervalo causado pela disputa da Copa do Mundo, o Santos conquistou seu segundo título no ano, o da Copa do Brasil (inédito para o clube) superando o Vitória, vencendo por 2 a 0 na Vila Belmiro e sendo derrotado por 2 a 1 no Barradão. Foi o coroamento de uma campanha marcada por um ataque arrasador, com goleadas implacáveis como os 10 a 0 contra o Naviraiense e os 8 a 1 contra o Guarani, jogo em que Neymar marcou cinco vezes.
No segundo semestre de 2010, o Santos conseguiu segurar Neymar, mesmo com uma oferta milionária de transferência para o futebol inglês, ainda assim, o clube teve perdas de jogadores importantes como Wesley (vendido para o Werder Bremen da Alemanha), André (vendido para o Dínamo de Kiev da Ucrânia), Robinho (que voltou do empréstimo para o Manchester City da Inglaterra), e Ganso (que se contundiu em uma partida contra o Grêmio ainda no primeiro turno e não jogou mais no campeonato), além dos jogadores, teve a demissão do técnico Dorival Júnior depois de um desentendimento com Neymar, o Santos não conseguiu ir além de um oitavo lugar no Campeonato Brasileiro. Antes do final do ano foi confirmada a volta do jogador Elano, o primeiro grande reforço para a disputa da Copa Libertadores da América de 2011, além da contratação do técnico Adilson Batista.
Antes do início da Copa Libertadores da América de 2011, o Santos era apontado como um dos favoritos. Os adversários da fase de grupos foram o Deportivo Táchira(Venezuela), Cerro Porteño (Paraguai) e Colo-Colo (Chile). Ao fim dos três primeiros jogos, contudo, a situação do clube praiano era dramática: apenas dois empates (0-0 com o Deportivo Táchira e 1-1 com o Cerro Porteño) e derrota para o Colo-Colo (2-3). Com esses resultados a única chance do Santos classificar-se era obtendo três vitórias nas partidas restantes.
A primeira dessas três partidas decisivas foi contra o Colo-Colo na Vila Belmiro. O Santos vencia tranquilo por 3-0 (gols de Elano, Danilo e Neymar) mas ao comemorar o seu gol usando uma máscara, Neymar foi expulso, além dele, Zé Eduardo e Elano (que estava no banco, já substituído) também foram expulsos e o adversário chileno aproveitou para reagir, marcando dois gols, o jogo terminaria com vitória santista por 3-2. O jogo seguinte seria em Assunção, contra o Cerro Porteño. Mesmo sem os três titulares, o Santos trazia como trunfo a estreia de Ganso na Copa Libertadores e o técnico Muricy Ramalho, que assumira o cargo de treinador após deixar o Fluminense, time que dirigira nas primeiras rodadas da competição. E o Santos de Muricy conseguiu aquilo que muitos julgavam improvável: venceu por 2-1, com gols de Daniloe Maikon Leite. Essa vitória deu confiança ao grupo, que se classificou com uma vitória de 3-1 sobre o Deportivo Táchira no estádio do Pacaembu.
Na sequência, pelas oitavas de final, o Santos enfrentou o América do México. Atrelado a competição continental, o time também estava disputando as fases finais do Campeonato Paulista. O técnico Muricy Ramalho manteve o time titular em ambas as competições, e com isso, o Santos foi o Campeão Paulista de 2011, após superar o Corinthians em duas partidas na final, empate por 0-0 no Pacaembu e vitória por 2-1 na Vila Belmiro (gols de Arouca e Neymar). E mesmo com cansaço por disputar duas competições simultaneamente, a equipe se classificou para as quartas de final na Libertadores após vitória por 1-0 no Brasil e empate de 0-0 no México contra o América (com grande atuação do goleiro santista Rafael), depois de uma desgastante viagem.
O adversário da próxima fase seria o Once Caldas, que eliminara o Cruzeiro, o melhor time da primeira fase (nessa mesma rodada, chamada de "quarta-feira do terror", além do Cruzeiro, todos os outros times brasileiros também foram eliminados: Grêmio, Internacional e Fluminense). O Santos era o único time brasileiro a continuar na competição e garantiu nova classificação com outra vitória fora de casa por 1-0, e um empate de 1-1 no Pacaembu.
Já na semifinal, o adversário seria novamente o Cerro Porteño, que foi um dos times que o Santos enfrentou na fase de grupos. O Santos acreditava na classificação e conseguiu após vitória de 1-0 e empate de 3-3 em Assunção.
Assim, o Santos chegou a quarta final da competição em sua história (a última vez havia ficado com o vice-campeonato em 2003). O adversário era o tradicional Peñarol do Uruguai, pentacampeão da competição, que havia derrotado o argentino Vélez Sarsfield. Com isso, foi repetido o confronto de ambos na primeira conquista da Copa Libertadores da América pelo Santos, que derrotou os uruguaios na final de 1962. Sob a pressão de mais de 60.000 torcedores no Estádio Centenário, campo do adversário, o Santos segurou um empate de 0-0. Na finalíssima, em 22 de junho de 2011, deu quase tudo certo para o Santos. Após empatar em 0-0 no primeiro tempo, Neymar começou a vitória santista, ao receber passe preciso de Arouca, e assim, marcando no primeiro minuto do segundo tempo. Danilo, em bela jogada individual, marcou o segundo e praticamente selou a conquista. No final da partida, o zagueiro Durval marcaria contra, mas era tarde para o Peñarolconseguir um eventual empate. A partida terminou em 2-1 e o Santos se sagrou pela terceira vez campeão da Copa Libertadores da América, após 48 anos da última Libertadores conquistada pelo clube (1963). Com esse resultado, o Santos se igualou ao São Paulo como o clube brasileiro com mais títulos da competição Sul-Americana.
Após conquistar a Libertadores, o treinador Muricy Ramalho resolveu escalar os jogadores reservas em algumas partidas do Campeonato Brasileiro de 2011, buscando poupar os titulares para o Mundial no final do ano. No Campeonato Brasileiro, o Santos terminou em décimo, tendo Borges, como artilheiro da competição com 23 gols. A equipe embarcou rumo ao Japão no dia 6 de dezembro de 2011, com festa da torcida no Aeroporto Internacional de Guarulhos. O time fez uma escala em Frankfurt, antes de prosseguir até Nagoya. Dos titulares que embarcaram, somente o volante Adriano não pode viajar, por causa de uma grave lesão no tornozelo direito, sofrida na partida contra o Atlético-GO, no Campeonato Brasileiro.
A estreia do clube na competição foi no dia 14 de dezembro, quando o Alvinegro derrotou Kashiwa Reysol por 3-1, com gols de Neymar, Borges e Danilo, garantindo vaga para a final. No dia 18 de dezembro, o Santos encarou a grande equipe do Barcelona, e foi derrotado por 4-0, com dois gols de Messi, um de Xavi e outro de Fàbregas, com a derrota, o Santos ficou com o vice-campeonato do Mundial.
Em 2012, devido a disputa do Mundial no ano anterior, o Santos demorou para jogar com o time titular no Campeonato Paulista. A campanha começou em 21 de janeiro, com um empate de 1 a 1 com o XV de Piracicaba, enquanto os titulares só iniciariam o campeonato na quinta rodada, em 2 de fevereiro (outro empate, 1-1 contra o Oeste). Alternando a disputa da competição paulista com a Copa Libertadores, o Santos ainda voltaria a usar os reservas e poupar alguns jogadores na sequência das partidas e com isso o time ficou apenas em terceiro lugar na primeira fase. Nos jogos finais, o Santos derrotou o Mogi Mirim (2-0) e o São Paulo (3-1). A final foi contra o Guarani e o terceiro tricampeonato paulista da história do clube foi conseguido com duas expressivas vitórias (3-0 e 4-2) em partidas realizadas no Morumbi. Os gols santistas no segundo jogo, dia 13 de maio de 2012, foram de Alan Kardec (2) e Neymar (2), que encerrou a competição como artilheiro com 20 gols marcados. Na Libertadores, o Santos parou na semifinal contra o Corinthians, que se tornaria campeão da competição continental. Após a eliminação da Libertadores, o Santos ainda seria campeão da Recopa Sul-Americana de 2012, superando o Universidad de Chile, e assim, conquistando o seu nono título oficial em competições internacionais. No Campeonato Brasileiro, a equipe terminou em oitavo lugar, com 53 pontos.
Após ficar com o vice-campeonato Paulista de 2013, o time passa por uma reformulação que começa com a venda do atacante Neymar ao Barcelona. A venda foi confirmada no dia 26 de maio pela assessoria do Santos, o valor foi de € 17 milhões, aproximadamente R$ 49 milhões de reais, além do dinheiro, também ficou acertado, um amistoso entre o clube santista e o clube espanhol. A última atuação do Neymar pelo Santos, foi um jogo no estádio Mané Garrincha contra o Flamengo, valido pela primeira rodada do Campeonato Brasileiro de 2013, a partida terminou empatada em 0 a 0. Também deixaram o Santos, o técnico Muricy Ramalho(demitido), o goleiro Rafael (vendido ao Napoli) e o meia Felipe Anderson (vendido a Lazio). Mesmo com essas perdas, o clube se reforçou, e contratou o lateral esquerdo chileno Mena, o lateral direito Cicinho e o atacante Thiago Ribeiro, o técnico passou a ser Claudinei Oliveira, promovido da categoria sub-20 e campeão da Copa São Paulo de 2013. No Campeonato Brasileiro, o Santos ficou na sétima posição com 57 pontos, melhor campanha do clube desde o vice-campeonato de 2007.
Para a temporada de 2014, o Santos se acerta com o atacante Leandro Damião e com o técnico Oswaldo de Oliveira. No Campeonato Paulista, o Santos fez uma boa campanha ao longo do campeonato, inclusive vencendo bem o Corinthians por 5 a 1, porem na final, acabou sendo superado nos pênaltis, pela surpreendente equipe do Ituano que ficou com o título. Durante o Campeonato Brasileiro, o Santos acertou o retorno de Robinho após 4 anos longe do clube.[32] Mesmo com uma campanha regular, o técnico Oswaldo de Oliveira acabou demitido, sendo substituído por Enderson Moreira, que levou a equipe até as semifinais da Copa do Brasil, e ao nono lugar no Campeonato Brasileiro. Em dezembro, Modesto Roma Júnior é eleito presidente do Santos, sucedendo Odílio Rodrigues.
SANTOS 1913 - SIMON, JULIEN FAUVEL e ARI, BANDEIRA, AMBRÓSIO e OSCAR, BULLE, GERAULLE, ESTEVES, FONTES e ANACLETO
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